SOL & SOLGRID

Программа SOL выполняет позиционирование (докинг) низкомолекулярных лигандов в активный центр белка, а также даёт оценку свободной энергии образования комплекса лиганда с макромолекулой. Докинг осуществляется путем поиска глобального минимума энергии системы белок-лиганд. Для этого используется генетический алгоритм поиска глобального минимума. Расчеты энергии межмолекулярных и внутримолекулярных взаимодействий осуществляются в рамках силового поля MMFF94. В процессе работы генетического алгоритма вычисление энергии лиганда в поле белка производится с использованием заранее приготовленной сетки потенциалов взаимодействия пробных атомов лиганда с белком-мишенью. Эта сетка потенциалов строится на активном центре белка с помощью программы SOLGRID.

Генетический алгоритм поиска глобального минимума реализуется в программе SOL заданное число раз в результате независимых запусков программы SOL. Полученные при этом решения – позы лиганда в активном центре белка-мишени и соответствующие этим позам энергии системы белок-лиганд, анализируются с точки зрении пространственной близости конформаций поз лиганда, и в результате этого получается ранжированный по энергии набор кластеров поз лиганда. В каждом таком кластере позы лиганда близки друг к другу. Чем меньше кластеров и чем больше населенность кластера с самой низкой энергией системы белок-лиганд, тем больше уверенности в том, что позы в кластере с самой низкой энергией находятся вблизи глобального минимума системы белок-лиганд.