//##################################################################### //# BASIC PARAMETRES # //##################################################################### Version 0.50 //possible values: //"delete" - replace all 'a' bonds to 's'-'d' //"keep" - change nothing //"create" - replace all 's'-'d' bonds to 'a' AromaticBonds delete //##################################################################### //# PROTEIN PROTONATION # //##################################################################### ProtonateType PROTEIN AlarmAldehydeGroup 1 ConvertAldehyde2Carboxyl 1 FlipHistidine 1 //##################################################################### //# HYDROGEN OPTIMIZATION # //##################################################################### RadiusOfInfuence 13.0 NRotHPositions 67 LBFGSStepsForH 120 SilentHOptimization 0 //##################################################################### //# PDB LOADING # //##################################################################### IgnoreVariantAtomPosition 1 IgnoreHETATM 0 DeleteWater 1 //##################################################################### //# TYPISATION & ENERGY CALCULATION # //##################################################################### Epsilon 1.0 FeCharge 2 CuCharge 2 MaxRingSize 16 EBLGap 0.2 EACos3 0.6 EACos4 0.3 EACos 0.05 //##################################################################### //# COMMON PARAMETERS FOR LBFGS&GD # //##################################################################### DecreaseStep 0.2 IncreaseStep 1.6 A0Start 1.0 LittleA0_LBFGS 1.0e-5 LBFGS_M 8 restart_area 251 n_crit_restart 51