MOLRED

Molred

Программа MolRed – молекулярный редактор представляет собой программу с графическим интерфейсом и предоставляет пользователю возможности визуального восприятия трёхмерных изображений молекул и молекулярных структур, редактирования молекул, создания новых молекулярных соединений. Программа работает с файлами, описывающими молекулярные соединения (*hin,*mrk,*pdb), производит чтение и сохранение молекулярных структур в соответствии со стандартами этих файлов. Программа работает под управлением операционной системы Windows XP и Linux.

Основные возможности программы по визуализации молекул: представление молекулярных структур в виде различных моделей (модель шаров и цилиндров, решётчатая модель и др.), а также построение и отображение поверхности молекулы. (Поверхность объёма исключённого молекулой из растворителя) Навигация в 3D сцене представлена возможностями орбитального движения вокруг фокуса камеры, удалением и приближением к фокусу камеры, а также поступательными перемещениями камеры влево/вправо, вверх/вниз и вперёд/назад. При поступательных перемещениях фокус камеры перемещается вместе с камерой.

Основные возможности по редактированию молекул: выделение атома или группы атомов в составе одной или нескольких молекул, выделение молекулы (набора молекул) целиком, перемещение выделенных фрагментов, удавление выделенных фрагментов. Добавление отдельных атомов из таблицы Менделеева, добавление молекул из внутренней базы данных, добавление и удаление связей между атомами в составе одной молекулы, а также изменение кратности связи. Объединение нескольких молекул в одну и разъединение одной молекулы на фрагменты не связанные связями друг с другом. Определение длины связи, валентного и торсионного углов при выборе соответствующего числа атомов. Перемещения выделенных фрагментов: поступательное, вращение вокруг атома, перемещение вдоль связи с изменением её длины, вращение вокруг связи с изменением соответствующего торсионного угла.

Построение молекулярных поверхностей производиться с помощью оригинального алгоритма, основные преимущества которого связаны с возможностью построения гладкой поверхности, как для малых, так и для больших молекул (таких как белки, состоящих из десятков тысяч атомов). Молекулярная поверхность соответствует модели поверхности исключённого молекулой из растворителя объёма. При этом корректно воспроизводятся все топологические особенности этой поверхности, а также определяются все внутренние полости, в которых может поместиться хотя бы одна молекула растворителя. Отображение поверхности осуществляется в виде однородной сетки триангуляции – все треугольники этой сетки близки к равносторонним.